Legia Warszawa, Pogoń Siedlce, Zagłębie Sosnowiec, Radomiak Radom.

Makowski to wychowanek Legii Warszawa. Na swoim koncie ma występy m.in. w drużynie U-19, rezerwach, jak i pierwszym zespole (w rozgrywkach Ekstraklasy oraz w europejskich pucharach). Jesień 2016 roku spędził na wypożyczeniu w drugoligowej Polonii Siedlce (piętnaście spotkań, jeden gol), a w 2017 roku trafił do Zagłębia Sosnowiec, z którym awansował do Ekstraklasy. Przed kolejnymi rozgrywkami Rafał przeszedł do Radomiaka Radom. Już w pierwszym sezonie pokazał spore umiejętności, zdobywając w 2. lidze 11 bramek w 33 meczach. W Radomiu Makowski cieszył się z kolejnego awansu, tym razem na zaplecze Ekstraklasy, gdzie spędził ostatnie 1,5 sezonu.